בימיו הראשונים טופל תחום הספנות במשרד התחבורה על ידי שלושה אנשים, שחילקו ביניהם את כל התפקידים. "המחלקה הימית" שכנה בחיפה, ליד הנמל והרחק משאר עובדי המשרד. המחלקה החדשה עסקה בעיקר בהכשרת כוח אדם מקצועי שהפעיל את האוניות הראשונות שנרכשו, וכן בנושאים טכניים, ברישוי כלי שיט ובהסמכת ימאים. בעכו פעל בית הספר לקציני ים, בשיתוף משרד החינוך וחיל הים; ובמכמורת בית הספר לימאים דירוגיים בשיתוף משרד העבודה.
במחצית שנות ה-50 הגיעו כספי השילומים מגרמניה, וחלק נכבד מהם הופנה לרכישת אוניות ולפיתוח הנמלים. ב-1956 הפכה המחלקה הימית ל"אגף הספנות והנמלים". פעילות המחלקה התפצלה: בחיפה פעלו המחלקה הטכנית, שעסקה בבדיקה וברישוי של כלי שיט, והמועצה להסמכת קציני ים; בירושלים ישבו ההנהלה, המחלקה המשפטית שקידמה חקיקה ותקינה בנושאי הספנות, והמחלקה הכלכלית שטיפלה בבדיקות כלכליות, בקבלת ערבויות ובמתן המלצות למשרד האוצר.

קריית הממשלה

בתחילת שנות ה-60 הסתיים תהליך החקיקה של החוק הימי הישראלי, שהסדיר בפעם הראשונה את כל פעילות הספנות בארץ. בד בבד התרחבה הפעילות הבינלאומית. ישראל החלה להשתתף בוועידות מקצועיות ולהצטרף לאמנות בינלאומיות חשובות, ובהן "האמנה לבטיחות החיים בים", "האמנה למניעת זיהום הים" ו"משטר הימים". בסוף שנות ה-50, בעידן הזהב של ישראל עם המדינות המתפתחות, הקימה צים חברת ספנות משותפת עם ממשלת גאנה. הענף צמח, וכך גם כלכלת ישראל. לקראת סוף שנות ה-50 הורגש צורך בנמל נוסף באזור המרכז. כך הוחל בתכנונו של נמל אשדוד, שיהיה מפעל הספנות החשוב ביותר של שנות ה-60. כדי לאפשר את מימון הבנייה באמצעות מענקים ומלוות מחו"ל, הוקמה ב-1961 רשות הנמלים. שנה לפני כן הוקם בנק הספנות, שריכז את הפעילות הכספית, ניהול ההלוואות, המשכנתאות וגיוסי ההון, ואף מימן הקמת מכוני מחקר.

בשנות ה-60 נפתח עידן חדש של עצמאות והשקעות מוגברות בנמלים. הסחר עם אסיה והמזרח הרחוק התפתח ומכיוון שאוניות ישראליות או אוניות הנושאות מטען המיועד לישראל, לא הורשו לעבור בתעלת סואץ, הוחלט על הקמת נמל נוסף באילת. בשנת 1968 הפך אגף הספנות והנמלים למינהל במשרד התחבורה, מעמד שהעניק לו סמכויות וחופש פעולה רבים יותר. שני התחומים העיקריים שבהם עסקה הספנות הישראלית עד אז היו הובלת נוסעים ופרי הדר. השפל בתחומים אלה סייע דווקא לצמיחתו ולהתמקצעותו של הענף. בשנים 1973-1967, בין מלחמת ששת הימים למשבר הנפט העולמי, פרח ענף המכליות שנשען בעיקר על דלק איראני.

בשנות ה-70 עלה מספרן של האוניות המניפות "דגלי נוחות", שאפשרו התבססות על צוותים זרים. אז נולד גם המושג "צי הברזל", שמשמעותו קיום מספר מינימלי של אוניות לייעודים שהוגדרו חיוניים. משרד התחבורה נאלץ לסבסד את הענף, במטרה לשמור על גרעין פעיל של אוניות וימאים ישראלים שיתפקדו בכל מצב, גם בעת משברים, מלחמה או סגר ימי. כדי לשמר את כוח האדם המקצועי הנדרש, אימץ משרד התחבורה, כמו במדינות רבות נוספות, את "המודל הנורבגי" המחייב קיום צוות פיקודי מינימלי בכל כלי שיט הנושא דגל ישראלי. סוף שנות ה-90 התאפיינו בהאטת הפעילות הכלכלית בארץ ובהגברת התחרות בספנות העולמית. משרד התחבורה, בשיתוף משרד האוצר, החל בביצוע רפורמות מרחיקות לכת בספנות בכלל, ובניהול הנמלים בפרט.