רשות הספנות והנמלים מפקחת על בטיחות השיט בכל הנמלים והמעגנות בישראל. במסגרת זו מבצעת הרשות ביקורות כשירות מקיפות לאוניות ולאנשי הצוות הפוקדים את המים הטריטוריאלים של ישראל. הבדיקות מטפלות במגוון היבטים הנוגעים לבטיחות השיט: מבנה האונייה, מערכות ההנעה, כושר תמרון, יציבות, אישור טעינת סחורות מסוכנות והכשרת מפעילי האונייה.
הרשות מקדמת את יישומן ואת הטמעתן של אמנות בינלאומיות בתחום הספנות. ביוזמתה של ארה"ב, גיבש לאחרונה ארגון הספנות הבינלאומי (IMO), בשיתוף ארגון העבודה הבינלאומי (ILO), אמנה בתחום הביטחון בספנות ובנמלים (ISPS Code), והרשות מפקחת על הפעלתה.

ISPS הוא קוד ביטחון לאוניות ולנמלים המקובל ברוב מדינות העולם ומסווג את רמת הביטחון באונייה ובנמל ואת הטיפול הנדרש בכל רמה. עם כניסת הקוד לתוקף, אוניותיה של מדינה שאינה חתומה על האמנה (או חתומה ואיננה ממלאת את דרישותיה), אינן מורשות להיכנס לנמל. כמו כן, חויבה כל אונייה להצטייד במערכת זיהוי אלקטרונית, שתאפשר לזהות את האונייה בלב ים ולאשר את כניסתה לנמל.

שמירה על הסביבה
הרשות דואגת לשמירה על איכות הסביבה, לפי האמנות הבינלאומיות בחסות IMO. האמנות מתייחסות בעיקר למכליות ולאוניות כימיקלים ועוסקות בשמירה על איכות הסביבה הימית, בפעילויות למניעת זיהום הים ובשיפור המוכנות והתגובה במקרים של זיהום ים. בשנת 2004 חתמה מדינת ישראל על שתי אמנות בינלאומיות המסדירות ביטוח ימי של מכליות דלק והצטרפות לקרן בינלאומית לפיצויים בגין נזקי זיהום ים בשמן.

משמר החופים
עוד לפני קום המדינה, הוחלט במפקדת ההגנה להקים "משמר חוף" שילווה את אוניות המעפילים וספינות הרכש, ויסייע לכוחות היבשה. במרץ 1948 הוקם "השירות הימי" שהפך בהמשך לחיל הים, המבצע עד היום את מרבית פעולות החיפוש וההצלה בים. באותה שנה הוקמה יחידת השיטור הימי של משטרת ישראל, שגם היא ממלאת עד היום חלק ממשימות משמר החופים. המטלות החלות על ארגוני משמר החופים במרבית המדינות, מבוצעות בישראל על ידי רשויות שונות, לעתים ללא תיאום מספיק. נוסף על חיל הים והמשטרה, מעורבים בפעילות תחנת הרדיו של בזק (4XO), חדר המצב ברשות הספנות והנמלים, בית החולים רמב"ם בחיפה וגורמי ספנות אזרחיים. בפועל, נושא חיל הים בהתנדבות במירב העומס ומזעיק בעת הצורך את חיל האוויר. במרבית המקרים מערך זה מתפקד היטב, אך נדרשת הקמת גוף מרכזי, בעל סמכות ואמצעים, שיפקח על הנעשה לאורך חופי הארץ ויאכוף את חוקי המדינה במים הריבוניים של ישראל.

סירת משמר החופים בסיור שגרתי

המשימות הנדרשות: שמירה על בטיחות השיט; חיפוש והצלה; תיאום מול צה"ל והמשטרה; תקשורת עם כלי שיט במצוקה; פיקוח על הדיג; מניעת זיהום הים; שיטור ימי ומניעת הברחות; פיקוח על כלי שיט זרים; ייעוץ רפואי בלב ים (Medico); תיאום של שירותי כיבוי אש; פיקוח על ארכיאולוגיה ימית; פיקוח על הבנייה בתחום מי החופים.

ארגון הספנות הבינלאומי IMO מעודד הקמת מערך לאומי של חיפוש והצלה בים בכל מדינה. במסגרת זו נחתמה בשנת 1985 ה"אמנה לחיפוש והצלה בים", המאפשרת שיתוף פעולה אזורי. ישראל טרם הצטרפה לאמנה זו, אך חתמה על "האמנה לבטיחות השיט והחיים בים" (SOLAS) מ-1974, המחייבת סיוע לאנשים במצוקה במי החופים ובים הפתוח ללא תשלום.