בשנותיה הראשונות של המדינה פעלו בה נמל מרכזי אחד בחיפה ושלושה נמלים קטנים ביפו, תל-אביב ואילת. עד מהרה נוצר צורך בנמל נוסף והוחלט על הקמתו של נמל מודרני ומשוכלל באשדוד, שיחליף את נמלי יפו ותל-אביב הקטנים והמיושנים. 

נמל חיפה

הקמת הנמל עלתה סכומי עתק שהתקבלו מהבנק העולמי. הבנק התנה את העברת הכספים לרשות ציבורית ממלכתית המנוהלת על בסיס עסקי. זוהי הסיבה להחלטת הממשלה על הקמת "רשות הנמלים" בשנת 1961. ייעודה העיקרי של הרשות היה לאפשר את הקמת נמל אשדוד, וכן לבנות את נמל אילת החדש. לפי דרישות הבנק העולמי, הוקמה לרשות מועצת מנהלים המורכבת משישה נציגי ממשלה ומתשעה נציגי ציבור, שייצגו את המשתמשים בהובלה ימית, את ההסתדרות ואת התעשיינים.
בתחילה לא נכלל נמל חיפה באחריותה של הרשות, והופעל על ידי שנ"מ (שירותי נמל מאוחדים), חברת בת של סולל בונה. רק ב-1967 הצליחה רשות הנמלים לקבל את השליטה גם על הנמל הגדול בישראל.