בשנים האחרונות מובילה רשות הנמלים תוכניות פיתוח רחבות היקף, שנועדו לשפר את יכולת השינוע הימי לישראל וממנה, לשכלל ולהרחיב את הנמלים הקיימים ולהתאים את רמות השירות בהם לאלה של הנמלים המתקדמים בעולם. שני הפרויקטים העיקריים הם נמל היובל באשדוד, ששלב א' שלו נחנך במאי 2005 (השקעה: 2.9 מיליארד ש"ח); ונמל הכרמל בחיפה, שהעבודות בו החלו ביולי 2005 (השקעה: 1.2 מיליארד ש"ח). שני הפרויקטים משתלבים בתוכנית החומש לפיתוח הנמלים, שבמסגרתה הושקעו בהם כ-5 מיליארד ש"ח עד סוף 2007.

נמל איתן (לשעבר היובל)

במקביל נמשכים הפיתוח והתחזוקה השוטפת של המבנים והמתקנים הקיימים בנמל, כולל הקמת שטחי אחסנה ושינוע חדשים למכולות והקמת בתי מלאכה מודרניים לטיפול בציוד השינוע המגוון הפועל בנמלים.