בפברואר 2005 החל נמל אשדוד לפעול כחברה ממשלתית עצמאית, לפי חוק רשות הספנות והנמלים, התשס"ד 2004. בעקבות השינוי נפתח עידן של התחדשות ומימוש החזון החדש שאותו תוביל חברת נמל אשדוד.

מטרת החברה היא לבסס את מעמדו של הנמל כשער מרכזי של מדינת ישראל וכנמל מוביל ומתקדם במזרח הים התיכון, על פי דפוסי פעולה עסקיים-כלכליים. חברת נמל אשדוד מחזקת את יתרונה בשוק התחרותי בעודה מציבה את הלקוח במרכז, מספקת שירות מקצועי אמין ויעיל ורואה בעובדי הנמל שותפים מלאים. 

החברה משפרת את השירות באמצעות קיצור זמני המתנה, וביסוס קשר ישיר, פתוח ושקוף בין הנהלת הנמל לבין לקוחותיה והגופים המייצגים אותם. לשם כך, הקימה חברת נמל אשדוד מערך שיווק וקשרי לקוחות הכולל קבלה והפצה של מידע, עדכונים הדדיים, ולימוד צורכי הלקוח באמצעות מפגשים תקופתיים עם הלקוחות ועם קהילת הים כולה. 
נמל אשדוד מתעתד להשיק שירותים חדשים, ובהם הסכמים מסחריים מיוחדים ללקוחות (באישור הרגולטור) שיעניקו קדימות להקצאת רציפים לפריקה ולטעינה. בחמש השנים הקרובות צפויה החברה להשקיע כ-700 מיליון ש"ח בציוד ותשתיות שיפחיתו את משך השהייה בנמל.