כחלק מהסכם השלום בין ישראל לירדן (1994), נערכו דיונים מקצועיים ונבחנו דרכים לשיתוף פעולה בין נמלי אילת לעקבה ולמעבר חופשי לכלי שיט בין הנמלים. כמו כן, גובשו דרכים להיערכות משותפת של שני הנמלים למניעת זיהום הים ולשמירה על איכות הסביבה.

בעקבות הסכמי השלום, הוקם מצפון לאילת מסוף הגבול "ערבה", למעבר סחורות יבשתיות בין ישראל לירדן. בשל הציפיות לתנועת תיירים מוגברת ולתנועת אוניות "קרוז" נחנך בנמל אילת בשנת 1995 אולם נוסעים חדיש, ממוזג ומפואר, המציע את כל השירותים הנדרשים לרווחת הנוסע.

נמל אילת פועל לחיזוק הקשר העסקי עם נמלי מדינות מצרים וירדן, ומגבש יוזמות חדשות בתחום הספנות, במטרה לקדם ולחזק את תהליך השלום ואת כלכלת ישראל.