המפרץ הטבעי של חיפה שימש מעגן טבעי משחר ההיסטוריה, אם כי בתחילה שכן הנמל בעכו שבצדו הצפוני. נמל שקמונה (היישוב שקדם לחיפה) מוזכר בפעם הראשונה בשנת 104 לפנה"ס, כאשר נחת בו מלך קפריסין כדי להילחם באלכסנדר ינאי. בזמן הכיבוש הצלבני (1100) התפתח הנמל ושירת את כל המחוז הצפוני. לאחר מכן, הידרדר המקום ובמאה ה-18 נודע כמשכנם של שודדי ים. 
העיר חיפה של היום נוסדה בשנת 1758 ונמלה החליף את נמל עכו שהתמלא בסחף ולא התאים עוד לספינות גדולות. חיפה הציעה מעגן עמוק מים ומוגן מפני סערות דרום-מערביות על ידי רכס הכרמל. ראשית הוקם מזח ובית מכס וסביבם צמחה העיר. הרצל התרשם מחיפה בביקורו בארץ וראה אותה בחזונו כעיר נמל בינלאומית. 

אוניית מכולות בנמל חיפה

ב-1922 ערך המהנדס הבריטי סיר פרדריק פלאמר סקר חופים ארצי ומצא את מפרץ חיפה כאתר האידיאלי לנמל מים עמוקים. הנמל, נפתח ב-1933 ועודד את צמיחתה המהירה של חיפה כמוקד של פעילות בינלאומית, תעשייה ומסחר. בתקופת הבריטים נחשב הנמל לאחד החשובים במזרח התיכון וקישר בין הים התיכון לנכסי האימפריה הבריטית במזרח התיכון ובאסיה, ביניהם קו צינור הנפט מעיראק. בשלהי המנדט הבריטי ואחריו זו הייתה נקודת הכניסה של אלפי העולים שהגיעו לארץ בדרכים לגליות ובלתי לגליות. 
עם קום המדינה נסגרו דרכי המסחר היבשתיות ונמל חיפה הפך לשער הכניסה הראשי לישראל, שדרכו עברו המטענים החיוניים לבניין המדינה. עד שנות ה-60 שירת הנמל גם את מרבית תנועת הנוסעים, שממנה נותרו היום רק ספינות הנופש ("קרוז") המשייטות בים התיכון.
בפברואר 2005 החל נמל חיפה לפעול כחברה ממשלתית עצמאית, לפי חוק רשות הספנות והנמלים, התשס"ד 2004.