ניהול נכסי המדינה במרחב הנמלים הוא אחד מתפקידיה המרכזיים של החברה וכולל פיקוח על השימוש בנכסים ותחזוקתם הנאותה בידי המשתמשים, וכן תכנון והגדרה של נכסים הדרושים להמשך הפעילות, בראייה משקית ולאומית ארוכת טווח. 
חברת נמלי ישראל מעמידה את המקרקעין והמתקנים שבשטח הנמל לרשות חברות הנמל, תאגידים מורשים ומשתמשים אחרים, במתכונת מודל ה-Landlord הרווח בעולם. החברה מנהלת מערכת ענפה של התקשרויות עם תאגידים וחברות שונות: מספנות ישראל, ממגורות הגרעינים בנמלי חיפה ואשדוד, תשתיות נפט ואנרגיה, גדות מסופים (כימיקלים), גדות אחסון ושינוע, קצא"א, מפעלי ים המלח, רותם אמפרט נגב, אוברסיז קומרס ואחרים. החברה אחראית לניהול מעגנה חדישה לכלי שיט ודיג בצמוד לנמל חיפה, המשרתת כ-350 כלי שיט פרטיים. 

מקורות כספיים
חברת נמלי ישראל מקבלת תשלומים קבועים ומשתנים מחברות הנמל ומהתאגידים המורשים, וכן דמי שכירות והחכרה מגורמים שונים הפועלים בתחומי הנמלים. מדינת ישראל הטילה על החברה להעניק לחברות הנמל "רשת ביטחון", לפי התנאים שנקבעו במסגרת המבנה הפיננסי ויחסי הגומלין בין החברות, כחלק מיישום הרפורמה בנמלים.