תוכניות הפיתוח של הנמלים משלבות שיקולים סביבתיים וחשיבה "ירוקה", תוך הקפדה על שמירת החוקים והתקנות הנהוגים במדינת ישראל ובאמנות בינלאומיות. בנמל איתן, לדוגמה, הושקע מאמץ רב במניעת פגיעה אפשרית במשטר זרימת החול בעזרת העברה יזומה של חול ובניית רציפים בעלי ניקוז אחורי למניעת זיהום הים.