תפקידיה של רשות הנמלים עברו עם הרפורמה לחברת נמלי ישראל, חברה ממשלתית המחזיקה בנכסים ובמקרקעין של הנמלים, מעמידה אותם לרשות חברות הנמלים ומפקחת על השימוש בהם. החברה אחראית לפיתוח הנמלים, לרכישת הקרקע הנדרשת להרחבתם ולהקצאת הקרקעות והנכסים.

פיתוח נמל הכרמל

החברה החדשה מקדמת את הפרויקטים העיקריים בתחום פיתוח הנמלים, הנחשבים לשניים מהפרויקטים הגדולים בישראל: נמל איתן באשדוד ונמל הכרמל בחיפה. פרויקטים אלה מיועדים להכפיל את קיבולת הנמלים ולאפשר להם להתמודד עם הנמלים המתקדמים בעולם. שלב א' של פרויקט "איתן" הסתיים ונמסר במאי 2005 להפעלת חברת נמל אשדוד ובחודש יולי באותה שנה החלו עבודות ההכנה של נמל הכרמל.