בכל נמל פועלת כיום חברה ממשלתית עצמאית הפועלת בפיקוח ועל פי היתר, ומנוהלת בידי הנהלה ודירקטוריון עצמאיים המתווים את המדיניות ואת האסטרטגיה העסקית. חברות הנמלים אחראיות לתפעול, שיווק, משאבי אנוש, רכש, בטיחות ואיכות הסביבה. 

''צים ברצלונה'' בכניסה לנמל חיפה

הרפורמה יוצרת תחרות בין הנמלים ומחייבת אותם להתייעל, להתקדם ולהציע פתרונות שינוע משולבים ואטרקטיביים. במצב הקודם, היו התעריפים קבועים בחוק ולא אפשרו לנמל להציע רמות שירות שונות והסכמים ייחודיים. עם ביצוע רפורמה מקבילה בתעריפים, תוכל כל חברת נמל לחתום על הסכמים עם חברות ספנות שיכללו רמות שירות, תעריפים ומנגנוני פיצוי ותגמול על עמידה בתנאים או על חריגה מהם.