נמלי הים משקפים את הפעילות הכלכלית של המשק הישראלי ומהווים את השער העיקרי לסחר החוץ הישראלי של טובין ( 98% מכלל היבוא והיצוא). נמלי הים בישראל משמשים את כל המגזרים הציבורי והפרטי, ממטענים ביטחוניים ועד למטענים עבור הצרכן הבודד.
בפברואר 2005 ביצעה הממשלה רפורמה בנמלים ורשות הנמלים פורקה לשלוש חברות נמל וחברת פיתוח נכסים. כחלק ממהלך הרפורמה, החליטה הממשלה שיש להפריט את נמלי הים ולעודד את יעילות תפעולם, כך שגם יהיו תחרותיים וגם יעילים יותר – הן
בתחרות שבין הנמלים בישראל והן בתחרות עם נמלים אחרים בים התיכון. מדיניות זו מחייבת את הממשלה לשמש כרגולאטור (תפקיד שהיה בעבר של רשות הנמלים שפורקה) המייצר את התנאים הכלכליים והחוקיים ליישום הרפורמה, ובמיוחד על נושא ההתייעלות ורמות השירות זאת, ע"י הוזלת השירות הנמלי תוך עידוד התחרות הכלכלית. אחד האמצעים לכך הינו מערכת התעריפים לשירותים נמליים.
הרפורמה המתוכננת בתעריפי הנמלים, פרושה על פני תקופה של 10 שנים, עם ניתוחי רגישויות ומבחני בקרה מתמידים, שיאפשרו את השגת המטרות הכוללות, בין היתר, הגברת היעילות ושיפור רמת השירות שהנמלים מעניקים ללקוחות הנמל. זאת, באמצעות יצירת מנוף כלכלי לבנייה של תשתיות נמליות נוספות, תוך התייעלות והקטנת עלויות בגין שירותים אלה. החלת הרפורמה בתעריפי הנמלים מחייבים בקרה הדוקה ומתמדת על יישום התהליך, תוך שמירה על שקיפות ופומביות לכל הגורמים הנוגעים במשק, כמו
יבואנים יצואנים, חברות הספנות והצרכן הבודד.
מרבית התעריפים החדשים המוצעים ברפורמה הינם מחירים מרביים, שאמורים לשקף את עלות מתן השירות ויאפשרו לכל אחת מחברות הנמל לקיים מדיניות הנחות ותמריצים, ואף להוזיל את השירות, על פי החלטתן. מדיניות זו גם תאפשר לחברות הנמל, בחלק מהתעריפים הקשורים לשירות תחרותי ועל פי שיקול דעתן, לכרות הסכמים מסחריים ייחודים ולקבוע מחירים כלכליים שונים ממערכת התעריפים המרבית.
מדיניות התעריפים בנמלים מבטאת את ההבדל בין המצב כיום, שבו האוניות ממתינות לרציפים בנמלים לבין המצב הרצוי שבו הנמלים ימתינו לאוניות.
התעריפים החדשים, יאפשרו יצירת מנוף כלכלי לבניית נמלים נוספים (עודף תשתיות), שיאפשרו התייעלות ושיפור השירות ללקוחות הנמלים. אנו תקווה שהרפורמה בתעריפי הנמלים תיושם ותוכיח עצמה, ואכן גם תשיג את המטרה של הגברת היעילות והוזלת השירות, תוך שמירה על רמות שירות, בנמלים עבור
המשתמשים השונים.

שינוי מערך התעריפים והאגרות

מערך תעריפי הנמלים שהיה בתוקף עד לשינוי המבני בנמלים נקבע לפני שנים רבות ולא הותאם לשינויים הטכנולוגיים, הכלכליים והמסחריים שחלו בשנים האחרונות.
לדוגמה, כמחצית מהכנסות הנמלים מקורם באגרות הרציף שנקבעו כאחוז מערך המטענים (1.02% על מטעני יבוא, 0.2% על מטעני יצוא), ללא קשר לנפח המטען או למשקלו, ולעלות הריאלית של מתן השירות לסוגי המטענים השונים.
הממשלה הורתה על עריכת רפורמה כוללת בתעריפי הנמלים. מצד אחד הם ישקפו את עלות השירות ומצד אחר יספקו לנמלים כלי שיווקי-תחרותי כנהוג בעולם. עד ליישום רפורמה זו נקבע כי התעריפים התפעוליים הנהוגים כיום ישמשו כמחיר מירבי ובסמכות הנהלת כל חברות הנמל לתת הנחות ותמריצים על פי שיקול דעתה, להגברת התחרות והפעילות.