בשנות ה-90 חל משבר בענף הספנות הישראלית. מספר האוניות בפיקוח ישראלי ירד מ-52 בשנת 1992 לשפל היסטורי של 22 בלבד בשנת 2001. כבר במחצית שנות ה-90 זיהה משרד התחבורה את הצורך בביצוע רפורמה, שתשמור על קיומה של תשתית ספנות ישראלית תחרותית וכלכלית והחל בהכנות ליישומה.
המטרה - ביטול פערי עלויות ההפעלה
בכל מדינות העולם גדל בעשורים האחרונים הפער בין עלויות ההפעלה של אוניות בדגל מקומי לעומת דגל זר, בעיקר עקב הפערים הגדולים בשכר ובתנאי ההעסקה. קצינים ואנשי צוות ממדינות מערביות נהנים מזכויות סוציאליות ומגובים באיגוד מקצועי חזק, בעוד שכוח אדם ממדינות מתפתחות מוזיל מאוד את עלויות ההפעלה. בנושאים אלה אימצה ישראל את "המודל הנורבגי", המאפשר השארת "צי ברזל" - מספר מצומצם של אוניות הנושאות דגל מקומי ומאוישות בצוות קצונה מקומי, אשר עונות על צורכי החירום של המדינה.
עד שנת 1996 חויבה כל אונייה הנושאת דגל ישראלי להעסיק לפחות 20 אנשי צוות ישראלים. כדי לשפר את כושר התחרות מול כלי שיט ממדינות מזרח אירופה והמזרח הרחוק, צומצם הצוות הישראלי לעשרה ובהמשך לרב חובל ושישה קצינים בלבד.

הטענת מכולות בנמל אשדוד

במקביל, העבירה הממשלה מאז שנת 1996 מיליוני שקלים כסובסידיה לענף. בשנת 2002 יושם המשך הרפורמה, שצמצם את פערי עלות ההפעלה בין אונייה ישראלית לזרה ל-150 אלף דולר בלבד לשנה. עם זאת, הרפורמה פגעה בהסכמי העבודה של הימאים הישראלים ועוררה מחלוקת ואיומי השבתה מצד האיגודים המקצועיים, שטופלו במסגרת הסכמי ההעסקה החדשים.

סוף המשבר ותחילת התאוששות
החל משנת 2002 גדל בעקביות מספר כלי השיט בפיקוח ישראלי. באוקטובר 2003 אישרה הממשלה סיוע לתקופה של חמש שנים, שיבטיח את המשך הגידול במספר האוניות וקציני הים הישראלים לצורך שימור ופיתוח הידע הימי המקצועי בישראל. הקמת רשות הספנות והנמלים היא חלק חשוב מתהליכי הרפורמה בענף.