עם הולדתה של המדינה עמדו לפניה שתי משימות לאומיות דחופות: הבאת מאות אלפי עולים, וחיזוק סחר החוץ שיכניס מטבע זר חיוני להנעת הכלכלה. בשני התחומים מילא ענף הספנות תפקיד מרכזי.

צים רכשה כ-12 ספינות מעפילים ישנות מהסוכנות היהודית, ובהמשך בנתה ארבע ספינות משא קטנות בהולנד. קומץ חברות ספנות נוספות כמו גרץ, עתיד, אל-ים, מנו ובורכרד, פעלו לצד חברות זרות, רובן בריטיות. משפחות רקנאטי ועופר, שלימים הפכו לגורמים מובילים בענף, החלו את דרכן באותן שנים.
הסחורה העיקרית הייתה תפוזים, שנשאו עדיין את החותמת JAFFA, אף שארגזי הפרי כבר מזמן לא הוטענו בנמל יפו. מרכז הפעילות היה נמל חיפה, ששמר על מעמדו מימי הבריטים, ובמפרץ שמחוצה לו חיכו תמיד ספינות רבות לתורן. בנמל תל-אביב המשיכו לפרוק סחורות בים הפתוח לסירות ולדוברות, אך הפעילות בו דעכה עד סגירתו הסופית עם פתיחת נמל אשדוד (1965).
"קפיצת המדרגה" הגיעה במחצית שנות ה-50. יש המייחסים אותה לחזונו של ד"ר וידרא, מנהלה הראשון של צים, ששיכנע את שר האוצר דאז, אשכול, להפנות כרבע מכלל כספי השילומים מגרמניה לרכישת צי סוחר חדיש. כ-200 מיליון דולר, הון עתק באותם ימים, שימשו לרכישת 36 אוניות חדשות. כלכלתה של גרמניה רק החלה להשתקם, והמספנות הגדולות שלה שיוועו לעבודה. כך הצליחה צים לבנות צי סוחר מודרני.