עם פריחת הכלכלה גדל העומס על נמל חיפה, ולקראת סוף שנות ה-50 הורגש צורך בנמל נוסף, קרוב יותר למרכז הארץ. אשדוד נבחרה כאתר המתאים, והעיר התפתחה במקביל לנמל שסיפק תעסוקה לתושביה. הבנק העולמי סייע במימון הפרויקט, אך נמנע מהעברת הכספים למנגנון הממשלתי והתנה את מעורבותו בהקמת "רשות עצמאית שתנוהל על בסיס עסקי". כך הוקמה ב-1961 רשות הנמלים, שבראשה עמד הרמטכ"ל לשעבר חיים לסקוב.

שנות ה-60: על פני שבעת ימים

נמל אשדוד נפתח ב-1965, עם ציוד מתקדם שחייב גם את נמל חיפה להשקיע ולהתחדש. באותה שנה נפתח גם נמל אילת, שסיפק מענה לסגירת תעלת סואץ בפני ספינות ישראליות ומטען המיועד לארץ. המצב לא השתפר גם לאחר שישראל הגיעה לגדות התעלה ב-1967, שכן המצרים חסמו את התעלה באוניות טבועות. הפעלתה חודשה רק ב-1975, לאחר הסכמי הפרדת הכוחות שאחרי מלחמת יום כיפור.
שנות ה-60 סימנו את דעיכתם של התחומים ההיסטוריים של הספנות הישראלית - נוסעים ופרי הדר. הובלה בקירור של תוצרת חקלאית צמחה שוב בשנות ה-70 ונמשכת עד היום, אם כי בהיקפים קטנים יותר ולעתים בדרך האוויר.