בישראל החל המעבר לדגלי נוחות בשנות ה-60 ובעיקר בשנות ה-70, במטרה להתגבר על מגבלות שהוטלו בנמלים שונים על אוניות ישראליות. הדגלים הזרים אפשרו להרחיב את הפעילות ולהתחיל לבצע הובלות בין נמלים שונים בעולם, ללא קשר לישראל. התהליך הפחית את מספר האוניות הנושאות דגל ישראלי ואת מספר אנשי הצוות הישראלים. מצד שני, שאפה המדינה לקיים "צי ברזל", גרעין מינימלי של אוניות וצוותים ישראלים לייעודים חיוניים ולעתות משבר.

משרד התחבורה נאלץ לסבסד את הענף, וכושר התחרות שלו נפגע מכך. בנמלים שלטו ועדי עובדים חזקים, שלא תמיד אפשרו צעדי התייעלות והכנסת חידושים. סכסוכי עבודה, ניהול ריכוזי ורגולציה ממשלתית נוקשה, האטו את התפתחות הנמלים.
מספר האוניות בבעלות ובפיקוח של ישראלים, ירד משיא של 52 אוניות בשנת 1992 ל-22 בלבד ב-2001. משרד התחבורה, בשיתוף משרד האוצר, החלו לגבש תוכניות למניעת המשבר. הרפורמה בספנות החלה ב-1996 עם צמצום מספר אנשי הצוות הישראלים הנדרש בכל אונייה. משנת 2002 מוקצות השקעות רחבות היקף לעידוד הענף והכשרת קציני ים ישראלים. מגמת הירידה בענף נבלמה וכיום נמצאים כ-130 אנשי צוות במסלולי הכשרה שונים.

המשבר וההתאוששות

באותן שנים הוחל בקידום פרויקט "נמל היובל" (לימים נמל איתן), שתוכנן בתחילה כנמל עצמאי ונפרד מנמל אשדוד. כאשר הפרויקט כבר עמד לפני סיום, יצאה לדרך הרפורמה בנמלים שהובילו משרדי התחבורה והאוצר. במסגרת הרפורמה הוקמו חברות הנמלים במקום רשות הנמלים והפרויקט עבר לתפעולה של חברת נמל אשדוד. פרויקט נוסף הוא "נמל הכרמל", ההולך ומוקם סמוך לנמל חיפה ואשר יגדיל משמעותית את קיבולת הנמל ויאפשר תחרות בין הנמלים.
במסגרת תהליכי ההפרטה במשק, נמכרה צים ב-2004 לחברה לישראל, שבבעלות אחים עופר, שחקנים ותיקים בענף. עם זאת, קבעה הממשלה כי ברשותה תישאר "מניית זהב" המבטיחה את קיומו של "צי ברזל" בבעלות ובניהול ישראלים, והציבה דרישות השומרות על האינטרסים החיוניים של המדינה ושל המועסקים בענף.

דגלי נוחות (Flag-of-Convenience)
"דגל נוחות" מציין כי האונייה הנושאת אותו רשומה במדינה בעלת הדגל, מטעמי נוחות וחיסכון. לאחר מלחמת העולם השנייה, החלו בעלי האוניות לרשום אותן במדינות כמו ליבריה ופנמה, כדי להימנע מתשלום מסים ושכר גבוה לימאים החברים באיגודים המקצועיים. במקומם גויסו ימאים ממדינות מתפתחות, בשכר נמוך וללא תנאים סוציאלים.
החידוש הוטמע, למרות מאבקים ושביתות של ארגוני העובדים, וכיום מפליגים כמחצית מציי העולם תחת דגלי נוחות. עם זאת, רבים מבעלי האוניות חתמו על הסכמי שכר עם הפדרציה העולמית של עובדי ההובלה ITF. בשנת 1997 הכריזה הפדרציה על העלאת שכר של 17%, שנתקלה בהתנגדות עזה של בעלי האוניות. המו"מ נתקל בקשיים, שהחמירו עם משבר ההובלה העולמית בעקבות אירועי 11.9.2001. ארגוני העובדים הסכימו להפחתת דרישותיהם, תמורת צירוף בעלי אוניות רבים יותר להסכמים.
כיום מתעוררת בעיה נוספת בשימוש בדגלי נוחות: סיכוני הביטחון והבטיחות הנובעים מחוסר פיקוח מספק על האוניות, הרשומות פיקטיבית בארצות מרוחקות. ארה"ב, יעד הטרור העיקרי, בוחנת דרכים לצמצום הסיכון בלי לפגוע בסחר העולמי.
מזה שנים אחדות פועלות המדינות המפותחות להחזרת אוניות לדגלי הלאום שלהן, זאת על ידי מתן תמריצים לעידוד הספנות הלאומית.