במחצית שנות ה-50 החל הפרק השני בתולדות צים. ממשלת ישראל החליטה כי הקמת צי בעל עוצמה היא אינטרס לאומי חשוב שישרת את המשק ויתרום לשיפור מאזן התשלומים. באותה העת החלו להגיע כספי השילומים מגרמניה, והממשלה אימצה את יוזמת צים לבנות צי חדיש במסגרת הסכמים אלה. לשם כך הופעלו מספנות הענק של גרמניה שסבלו ממחסור בהזמנות. בתקופה זו נבנו בעבור צים 36 אוניות חדישות, שהגדילו מאוד את הצי ואת היקף פעילותו. התרחבות זו הובילה את צים לפתיחת קווים חדשים ולחיזוק הקיימים, והניעה את פעילות הסחר הבינלאומי של המדינה הצעירה.