בראשית שנות ה-80 עמדה צים בפני משבר קשה שנבע משפל בענף הספנות העולמית -
בהמשך למשבר הנפט העולמי בשנות ה-70 ולמהפכה באיראן. החברה הצליחה לבצע שורה של צעדי התייעלות, ובסופם נחלצה באופן מרשים מהמשבר. 1985 סימנה עידן חדש של חברה יעילה, גמישה ורווחית יותר. החברה פתחה בתוכנית הצטיידות רחבת היקף ובמחצית הראשונה של שנות ה-90 בנתה 15 אוניות מכולה חדישות ומשוכללות שהיו "המילה האחרונה" בטכנולוגיה הימית דאז. במהלך השנים הפכה צים בפועל למוביל הלאומי ולגורם המרכזי בספנות הישראלית.