למרות ייעודה המסחרי של צים, שימשה החברה במהלך השנים כ"מוביל הלאומי" ותרמה רבות לביטחון המדינה. עוד בתקופת הבריטים סייעה צים בהבאת עולים לארץ והמשיכה בכך במלוא הקיטור בשנותיה הראשונות של המדינה, שבהן הגיעו לארץ, כמאה אלף עולים באוניות צים. בימי מלחמת העצמאות, כאשר לא פקדו אוניות זרות את נמלי הארץ, הובילה החברה מזון, ציוד צבאי וסחורות נדרשות. במלחמת יום כיפור התארגנה צים במהירות להבטחת המשך אספקת מטענים חיוניים של דלק, חיטה, נשק, תחמושת ואפילו מטוסים. 

לא רק את טעמה של המלחמה ידעה צים, אלא גם את פירות השלום. לאחר הסכם השלום עם מצרים ופתיחת תעלת סואץ לכלי שיט ישראליים, היו אוניות צים הראשונות שחצו את התעלה, ולאחר הסכם השלום עם ירדן החלו אוניות החברה לעגון גם בנמל עקבה.