לאחר שיבת ציון, תחת השלטון הפרסי, חזרו נמלי הארץ לשגשג. בתקופת מלחמות יוון-פרס הם שימשו לריכוז הציים הפניקיים, הכוח הימי של האימפריה הפרסית. כיבוש החוף בידי אלכסנדר מוקדון הביא לקשרים הדוקים עם יוון, ובתקופת המלחמות בין יורשיו מילאו נמלי הארץ תפקיד חיוני.


דגם אוניית מלחמה חשמונאית

במרד החשמונאי השתלט יונתן, בנו של מתתיהו, על ארץ יהודה וכבש את יפו, וכך החזיר את השליטה היהודית לנתיבי הים. המלכים שבאו בעקבותיו התבססו והרחיבו את רצועת החוף. התהליך הגיע לשיאו בתקופת אלכסנדר ינאי, ששלט על כל חופי הארץ מעזה ועד לבנון. המלך הורדוס, ששלט בסוף התקופה החשמונאית, בנה את קיסריה מריטימה ("קיסריה הימית") והפך אותה לנמל בינלאומי מהגדולים באימפריה הרומית.