לאחר דיכוי המרד הגדול ונפילת ירושלים, הפכה קיסריה לבירת הפרובינציה הרומאית. ארץ ישראל שימשה נתיב סחר מרכזי, גם לאחר הגליית היהודים ממנה. כאשר החלו עולי רגל נוצרים להגיע לארץ ישראל, במאות הראשונות לספירה, היה זה לרוב דרך היבשה. לאחר הכיבוש המוסלמי במאה השביעית לספירה פחתו הקשרים בין אירופה לאזור, וחלקם התבסס על סחר בשבויים מאירופה שנמכרו לעבדות בארצות ערב. בתקופה זו נזכרים נמלי עזה, אשקלון וארסוף. מרבית הספינות היו יווניות-ביזנטיות.

הים התיכון שב לשמש נתיב תחבורה ראשי עם הופעת הצלבנים. דרך נמלי יפו ועכו, שביצוריהם הצלבניים מרשימים עד היום, הובאו מאירופה המוני חיילים, מתיישבים וסחורות. במשך כמאתיים שנה פרחה הספנות בארץ ישראל. ציי ונציה, פיזה וגנואה הובילו את התעבורה הימית במרחבי הים התיכון והיו פעילים גם בחופי ארץ ישראל, במיוחד בעכו.
הצלבנים גורשו מהארץ על ידי הממלוכים, ששלטו בארץ במאות ה-13 עד ה-16. הממלוכים, שלא היו יורדי ים, נקטו מדיניות של הרס הנמלים והפיכת אזור החוף לשממה, מחשש לפלישה נוצרית נוספת. רק בעכו נשאר נמל פעיל חלקית. ב-1517 נכבשה הארץ על ידי הטורקים העותומנים, ותחתיהם הידרדרה הארץ ופעילות הסחר דעכה לשנים רבות.