בשלהי המאה ה-19, עם התעוררות התנועה הציונית וראשית העלייה לארץ, גדלה התעבורה הימית לארץ וממנה. נמל יפו שימש השער הימי המרכזי לארץ, ודרכו הגיעו אלפי העולים, המבקרים וראשוני התיירים. נתוני הסחר הימי בנמלי ישראל מלמדים על התפתחות האוכלוסייה והכלכלה בארץ. בשנת 1886, בראשית ימי העלייה הראשונה, היה שווי היבוא בנמל יפו 240 אלף לירות מצריות. בשנת 1913, בשלהי העלייה השנייה, כבר גדל היקף היבוא פי 5 והגיע ל-1.3 מיליון לי"מ. גידול דומה מתבטא במספר תיבות פרי הדר שיוצאו מארץ ישראל: ב-1886 יוצאו 106 אלף תיבות, ב-1913 הגיעה הכמות ל-1.6 מיליון תיבות - פי 15!

למרות התפתחות הסחר הימי, לא הוקם בזמן הטורקים נמל ראוי לשמו. בנמל יפו לא נבנתה תשתית שתאפשר לאוניות להתקרב לחוף, והן נאלצו לעגון בלב ים ולפרוק את הסחורה והנוסעים באמצעות דוברות וסירות משוטים. כאשר תנאי מזג האוויר לא אפשרו פריקה בלב ים, נאלצו האוניות להמתין בים הסוער או להצפין לנמל בירות. ב-1908 נבנה בחיפה מזח קטן, ועליו הוקם עגורן לפריקת חומרי גלם וציוד בעבור חברת מסילות הברזל הטורקית.