הטלת משכנתה על כלי שיט תקרה כמעט תמיד לאחר שהוסכם בין בעל כלי השיט ובין צד שלישי - לרשום את המשכנתא על כלי השיט (או על חלק ממנו) אם ורק אם בעל כלי השיט יקבל תמורה מתאימה לכך. הסכם כזה ייעשה תמיד, בכתב, ובו יצוין אם המשכנתא היא בדרגה ראשונה או למטה הימנה. ובכל מקרה יצוינו התנאים המוסכמים איך יחזיר בעל כלי השיט לצד האחר את תמורת נתינתו (שבגינה תירשם המשכנתא). אשר על כן, הליך הרישום של משכנתה בפני רשם הוא הליך - מסחרי מימוני - פשוט לכשעצמו בין שני צדדים. ההסכם בין שני הצדדים ינוסח בכתב והעתק אחד ממנו גם יימסר לרשם לתיק כלי השיט, כבסיס לרישום המשכנתא כמתואר כאן.

לאחר תיאום פגישה מתאימה, יופיעו בפני הרשם שני הצדדים - המשעבד ובעל המשכנתא, כשבידם הסכם מקורי או העתק שהוא "נאמן למקור" - עפ"י אישור חתום של עו"ד או רואה חשבון על גבי העתק ההסכם דנן. שני הצדדים יופיעו אישית בפני הרשם בו זמנית וימלאו שטר רישום משכנתה ויחתמו עליו בפני הרשם. זה, לאחר שהרשם הקצה מספר מתאים למשכנתא, לפיו היא תוכר במניין המשכנתאות על כלי שיט (מספר זה יופיע על גבי שטר המשכנתא - על כל השטרות האחרים הנוגעים למשכנתא זו- ראה להלן). עם זאת, רשאי כל צד למנות לו בא-כוח לעניין זה וליתן בידו ייפוי כוח נוטריוני - לפיו בא הכוח (המוזכר בשמו המלא ובמספר הזהות שלו - או מספר הדרכון התקף שלו) יופיע במקומו בפני הרשם . כמובן, שאם בעל כלי השיט הוא חברה או תאגיד, יניח הוא או בא כוחו, בפני הרשם, גם פרוטוקול של ישיבת הנהלת התאגיד ובה יציין מפורשות שהוחלט במניין חוקי של חברים, על רשום השעבוד/המשכנתא, ועל מינוי מאן דהוא, כ"בא כוח" התאגיד, לחתום על שטר המשכנתא בפני הרשם. פרוטוקול זה יאושר על ידי עורך הדין או הרואה-חשבון של התאגיד או החברה בניסוח חוקי מתאים.

ראוי לציין, שאם בעל כלי השיט הוא תאגיד, יידע הוא, שעליו חובת האחריות להודיע לרשם החברות במשרד המשפטים, על המשכנתא ולא הרשם הוא שאחראי לכך. משחתמו שני הצדדים בפני הרשם על גבי השטר, יאשר הרשם את השטר ויירשם הדבר בפנקס הרשום בדף המתאים לכלי השיט הנדון.

הנוהל הזה יתקיים גם כשבעל כלי השיט מבקש "להגדיל משכנתה", "להעביר משכנתה" (היינו, לגלגלה לפתחו של אחר) , "לשנות תנאיה של משכנתה", או "למחוק משכנתה" מפנקס הרישום של כלי שיט. להלן הטפסים המתאימים להליכים אלה.

ובכל זאת, אם יוטל שעבוד על כלי שיט עפ"י החלטת בית משפט מוסמך, והוראתו הכתובה הובאה לידיו של הרשם, ירשום הרשם את הוראת ביה"מ בפנקס הרשום של כלי שיט (ואין הרשם חייב להודיע לבעל כלי השיט על כך, כי ביה"מ כבר עשה זאת כחוק).