1. ארבע עשרה יום לפני המועד המבוקש לרישום,  בעל האניה יפנה לרשם בכתב ויבקש היתר לרשום משכנתה – הוא הדין בכל כלי שיט שאורכו מעל  7.00 מטר.  (הייתה הבקשה עבור כלי שאורכו מעל ל- 24 מטר, יפנה הרשם את הבקשה לאישורו של מנהל הרשות) . בפניה האמורה  , יציין המבקש את שמו המלא,  כתובתו ומספר הזהות שלו ובנוסף,  מספרי הטלפון שלו – לקבלת תשובת הרשם (ושמו של המוסמך לקבל את האישור- הטלפוני , ) ראה סעיף 2 להלן.
  2. אושרה הבקשה לרישום המשכנתא, הרשם יודיע על כך טלפונית למבקש.
  3. יחד עם האישור הנ"ל, יקבע הרשם יחד עם המבקש את מועד הרישום,  שיתאים לרשם,  למבקש ולבעליה המיועד של המשכנתה.    הרשם יקצה למשכנתה המבוקשת מספר סידורי, כחוק.
  4. למועד שנקבע, יופיעו שני הצדדים (או בא/י כוחו/ם)  בפני הרשם כשהם מצוידים במסמכים הבאים:
    • תעודות זהות או דרכון בתוקף.
    • הסכם מסחרי-כספי בין הצדדים בו יצויין מי הממשכן,  מי בעל המשכנתה,  מהו סכום השיעבוד ו/או חלק מכלי השיט שימושכן עפ"י ההסכם הנדון וכן את ההסדר המוסכם בין הצדדים להחזר הסכום הנדון ושיטת ההחזר – מספר תשלומים וסכום כל תשלום וכדומה. מסמך זה ישאר בידיו של הרשם ויצורף לתיק המשכנתה יחד עם יתר המסמכים.
    • היה/היו אחד או שני הצדדים נציגים של ישות משפטית לא פרטית (חברה בע"מ וכדומה) יצרף הצד שאינו איש פרטי  (היינו מי שרשום בתעודת הרישום של כלי השיט כבעלים) גם: העתק (נאמן למקור-בחתימת עו"ד) מרישום החברה אצל רשם החברות וכללי התאגיד, כולל רשימת הבעלים וחלקי בעלויותיהם. פרוטוקול של הגוף המיוצג (הממשכן ו/או בעל המשכנתה) שיוכן על גבי ניר פירמה , ובו הסעיפים הבאים:
      • א. תאריך הישיבה ממנה נרשם הפרוטוכול.
      • ב. סעיף (ראשון) ובו מי היו הנוכחים בישיבה שבה הוחלט על הטלת המשכנתה. (למשל: "בישיבה ביום XXX,  נכחו החברים ... שיצוינו בשמם המלא,  וליו  "ר נקבע : "פלוני אלמוני",  שיצוין בשמו המלא).
      • ג. סיכום ההחלטה (למשל: " סעיף 2. הוחלט למשכן את כלי השיט [שיוזכר בשמו ובמספר הרישום שלו – " עפ י תעודת הרישום של הכלי] ל: [שמו המלא של בעל המשכנתה המיועד],  כנגד סכום  (יצויין סכום הכסף והמטבע המתאים לסכום המוסכם) שיוחזר לבעל המשכנתה עפ"י הסכם שיעבוד  /משכנתה המצ"ב.
      • ד. יפויי כוח מתאים למי שרשאי לחתום בפני הרשם (*) (למשל: "סעיף ג.  כדי לקיים את ההחלטה הנ"ל,  הוחלט למנות את [שם מלא ומספר    זהות של  9ספרות] כדי שיחתום על המסמכים הדרושים בפני רשם כלי השיט במשרד התחבורה על מנת לקיים ההחלטה הנ"ל.
    • חתימה וחותמת של יושב הראש של הישיבה כפי שנקבע  – כנ"ל.
    • ובאותו הדף  – אישורו של עו"ד החברה,או רואה החשבון שלה או נוטריון בלתי תלוי המאשר כחוק שההחלטות נתקבלו בישיבה חוקית עפ"י כללי החברה/התאגיד,ושהחלטות אלה מחייבות את החברה/ התאגיד וכו'  עפ"י הניסוח החוקי המקובל. אישור זה יסתיים בחתימה ובחותמת המאשר, שבה יוזכר שמו, תפקידו ומספר הרשיון שלו כחוק.
    • היה מי מהצדדים אדם פרטי,  והוא חפץ למנות לו בא כוח שיחתום בשמו בפני הרשם,  יפקיד בידי בא כוחו יפוי כוח נוטריוני לקיים את המבוקש – והנוטריון יאשר את יפוי הכוח כחוק.  אולם אם מיופה הכוח הוא עו"ד מורשה  ,יהיה יפויי הכוח רגיל ולא נוטריוני.
  5. משהופיעו הצדדים בפני הרשם למועד שנקבע,  יבדוק הרשם את המסמכים הנ"ל וכן את זכות הממשכן למשכן את כלי השיט כבעליו ו  /או את יפוי/י הכוח, ולאחר שתונח דעתו, יחתמו שני הצדדים או באי כוחם המורשים בפניו ובמשרדו על שטר המשכנתה במקום המיועד לכך על גבי שלושה עותקים של המסמך (אחד עבור תיק כלי השיט/המשכנתאות,  ואחד עבור כל צד למשכנתה). 
  6. לאחר מכן,  משהרשם יוודא ששטר המשכנתא נחתם על ידי הצדדים מרצונם החופשי, ימלא הוא את האישור המתאים בגוף השטר , יחבר את המסמכים כולם לאגד אחד,  ויתייק אותם בתיק מתאים,  עבור אוניה בתיקי המשכנתאות, או אם כלי השיט קטן באורכו מ-24 מטר, יתויקו המסמכים בתיק כלי השיט עצמו.
  7. הרשם יפנה את המבקש ו/או באי כוח הצדדים לתשלומי אגרה כחוק, אל מחלקת הכספים של המינהל. לחישוב תשלומי האגרה יש לדעת שתמורת אגרה של רישום משכנתה זכאי המבקש – הממשכן ובעל המשכנתה לעותק אחד של שטר המשכנתה – תמורת האגרה שתשולם.  ואולם,  העותק הרביעי והנוספים יוכנו תמורת אגרה כחוק,  וכאמור,  אחד הצדדים הוא שאחראי להעביר העותק הרביעי לרשם המשכונות  /רשם החברות וכדומה,  כחוק.  לאחר שכל האגרות הנדרשות תשולמנה,  יעניק הרשם לצדדים את העותק המאושר, המבוקש על ידם משטר המשכנתה.
  8. לאחר סיום ההליך, ירשום הרשם את המשכנתה בפנקס הרישום של כלי שיט כנדרש. ככלל,  כל המסמכים הנ"ל יוגשו לרשם כשהם בשפה העברית.  היה וחלקם אינו בשפה זו,  יתורגמו המסמכים על ידי מתרגם מקצועי ויאושו אישור מתאים על ידי נוטריון שהם מתאימים ונאמנים למסמך המקורי.

(*)  היה אחד הצדדים גוף שרגיל ליפות כוחם של פקידיו לחתום על מסמכים בפני הרשויות (בנק למשל),  יפקיד בידי באי כוחו יפוי כוח ספציפי, כמודגם למעלה ולא מסמך כללי שהוא נוהג לכלול בו את עובדיו ודוגמאות חתימותיהם. בכל מקרה, היה כלי השיט קטן באורכו מ-24 מטר, יעדיף הרשם את הופעת בעלי כלי השיט עצמם ללא מינוי מיופה כוח.