הבעיות שעמן מתמודד היום הענף הן מחסור בהיצע נפח הובלה, עקב תנודות בלתי צפויות בביקושים ומחזורי עסקים קצרים וכן עקב סכנת טרור ופיראטיות בלב ים. בעוד שהבעיה הראשונה צפויה להיפתר בקרוב, נראה כי שתי האחרות ילוו את הענף עוד שנים רבות.

אף על פי שענף ההובלה הימית מתפתח בקצב מואץ, לא נערכו חברות הספנות בזמן לביקוש הגובר, וכך נוצר מחסור באוניות בעלות נפח הובלה גדול. ההובלה הימית הפכה לחוליה החלשה בשרשרת המסחר הבינלאומית, ובו בזמן התגלה גם מחסור בכוח אדם מיומן. הפעילות המוגברת במספנות טרם הביאה לאיזון השוק, והתוצאה הייתה עלייה חדה בשוק החכירות ובמחירי בניית האוניות, והתאוששות במחירי ההובלה במכולות לאחר שנים של ירידות מחירים.

אוניות מכולה בנמל אשדוד

בעוד המספנות מתאמצות לענות על הביקוש, נוצר חשש כי בעתיד תיווצר בעיה הפוכה של עודף היצע. עם זאת, אם יימשך הגידול בכמויות המטענים מהמזרח - בעיקר מסין - לארה"ב ולאירופה, יובטח מטען בכמות מספקת עבור ההיצע הגובר של אוניות מכולה. על פי התחזיות, מחירי ההובלה ישמרו על רמתם הגבוהה גם לאחר סגירת פערי הביקוש.
פעילות הנמלים גדלה אף היא עקב גידול הסחר. בנמלים מושקעים משאבים רבים כדי להפחית את זמן השהייה בנמל, למנוע "פקקי תנועה" ימיים ולהיערך לקליטת אוניות גדולות יותר. מגמה עולמית נוספת היא הפרטת הנמלים והגברת התחרות ביניהם.
בעיה נוספת היא חוסר איזון בתנועת המטענים מהמערב למזרח. אוניות המכולה, המגיעות מהמזרח הרחוק לארה"ב ולאירופה בתפוסה של 80% ומעלה, חוזרות בתפוסה נמוכה בהרבה. חוסר הניצולת של האוניות מפחית את רמת היעילות ומקשה על הורדת מחירים.