בעבר, הייתה הסכנה העיקרית שארבה לספינות בלב ים היקלעות לסערה. אמצעי התרעה מתוחכמים וכלי שיט בטוחים ויציבים יותר הפחיתו את מספר האוניות הטרופות, אך הים עדיין רוחש סיכונים. המאה ה-21 נפתחה במתקפת טרור בינלאומי, אך בעוד אבטחת נמלי התעופה הוגברה מיד, נמלי הים עדיין נחשבים אחת מנקודות התורפה המסוכנות. קשה ליישם פיקוח אפקטיבי בנמלים, עקב גודלם וההיקף העצום של המטענים העוברים בהם, רובם במכולות סגורות.

גם נתיבי הים אינם בטוחים: ב-2000 הותקפה משחתת אמריקנית בסירת נפץ מול חופי תימן, וב-2002 הותקפה מכלית צרפתית. שירותי המודיעין דיווחו על התארגנויות לפיגועים דומים במיצרי גיברלטר.
בעיה נוספת שעדיין לא נמצא לה מענה מספק, היא הפיראטיות הימית. בשנת 2007 נרשמו 263 מקרי פיראטיות, לעומת 445 ב-2003. למרות הירידה המספרית, בשנים האחרונות נרשמה עלייה ברמת האלימות, השימוש בכלי נשק והתחכום. הפיראטים כבר אינם מסתפקים בשלל שעל האונייה, אלא לעתים משתלטים עליה ומזייפים את זהותה. ארגוני הספנות הבינלאומיים מפעילים לחץ על המדינות אשר אזורי הסיכון נמצאים תחת שליטתן, ודורשים מהן לנקוט פעילות שיטור ימי מוגברת.
כשליש מכלל ההתקפות הפיראטיות בעולם מתרחשות סביב מיצרי מאלאקה, המפרידים בין מאלזיה ואינדונזיה. במיצרים עוברים כ-50 אלף כלי שיט בשנה, הנושאים כרבע מנפח הסחר הימי העולמי, וכמחצית מכל תעבורת הנפט החיוני לכלכלתן של סין, יפאן ודרום קוריאה. החשש הגדול הוא מהטבעתה של אונייה גדולה במיצרים (כמו גם בתעלת סואץ או בתעלת פנמה), שתגרום לעצירת תנועת האוניות ולהפסדים כבדים. תאילנד בוחנת יצירת חלופות למעבר במיצרי מאלאקה, ובהן כריית תעלה שתקצר כאלף ק"מ מהדרך או הקמת "גשר יבשתי" שיכלול מערך שינוע יבשתי לדלק ולסחורות במקרה של חסימת המעברים.
גורם נוסף המחמיר את הבעיה הם "דגלי הנוחות", המקשים על זיהוי ארץ המוצא ובעליו האמיתיים של כלי השיט. כמחצית מכלי השיט בעולם, ועליהם כ-1.2 מיליון מלחים וקצינים, נעים תחת דגלי נוחות וללא פיקוח מספק.
תעשיית ההברחות, הרווחת גם היא באזורי דרום-מזרח אסיה, מקשה גם על מניעתו של הפצת נשק ביולוגי וגרעיני. ארה"ב ומדינות מפותחות נוספות מקדמות פעילויות אכיפה בינלאומיות, אך עדיין ללא שיתוף פעולה מלא מצד כל המדינות המעורבות.
בשנת 2004 הוחל ביישום האמנה הבינלאומית להגברת הבטיחות בנמלים וימים (ISPS), אשר נועדה לקבוע סטנדרטים לקיום מערך אבטחה יעיל לאוניות ולנמלים, ולהבטיח זיהוי ודאי ומהיר של כל אונייה. אכיפה יעילה דורשת התגייסות בינלאומית ושיתוף פעולה הדוק בין רשויות הביטחון והמכס, חברות הספנות והנמלים - גופים שרובם מתמודדים עם בעיות נוספות ואף מתחרים זה בזה. נראה שחזון "הים הבטוח" עדיין רחוק.